Capitan Harlock è l'unico uomo che si interpone fra la corrotta Coalizione Gaia e il tentativo di un completo dominio intergalattico da parte di quest'ultima. In cerca di vendetta contro coloro che hanno defraudato lui e l'umanità, il misterioso pirata dello spazio vaga nell'universo a bordo del suo incrociatore da battaglia, l'Arcadia, attaccando e saccheggiando con audacia le navi nemiche.